The goal of glydb is to provide a comprehensive database of glycan structures, including common glycan structures and their modifications. The database is updated periodically and is used by the glycoverse ecosystem. Only fully defined glycan structures are included.
Installation
You can install the latest release of glydb from GitHub with:
# install.packages("remotes")
remotes::install_github("glycoverse/glydb@*release")Or install the development version:
remotes::install_github("glycoverse/glydb")Example
Get all data from glydb:
library(glydb)
#> Loading required package: glyrepr
glydb_data
#> # A data frame: 6,960 × 5
#> glytoucan_ac glycan_structure glycan_composition species glycan_type
#> <chr> <struct> <comp> <chr> <fct>
#> 1 G00024MO Glc(b1-3)Glc(b1-3)Glc(b1- Glc(3) Saccha… O-Glc
#> 2 G00025MO Glc(b1-4)Glc(b1-4)Glc(b1… Glc(4) <NA> O-Glc
#> 3 G00027MO Man(a1-3)[Man(a1-6)]Man(… Man(3)GlcNAc(1) Mus mu… O-GlcNAc
#> 4 G00030VN Fuc(a1-2)[GalNAc(a1-3)]G… Gal(1)GlcNAc(1)Ga… Bos ta… O-GalNAc
#> 5 G00031MO Gal(b1-3)GalNAc(a1- Gal(1)GalNAc(1) Bos ta… O-GalNAc
#> 6 G00033MO Gal(b1-3)[GlcNAc(b1-6)]G… Gal(1)GlcNAc(1)Ga… Bos ta… O-GalNAc
#> 7 G00035MO GlcNAc(b1-3)GalNAc(a1- GlcNAc(1)GalNAc(1) Bos ta… O-GalNAc
#> 8 G00037MO GlcNAc(b1-3)[GlcNAc(b1-6… GlcNAc(2)GalNAc(1) Bos ta… O-GalNAc
#> 9 G00039MO GalNAc(a1-3)GalNAc(a1- GalNAc(2) Bos ta… O-GalNAc
#> 10 G00041MO GlcNAc(b1-6)GalNAc(a1- GlcNAc(1)GalNAc(1) Bos ta… O-GalNAc
#> # ℹ 6,950 more rowsOr use the getter functions to get specific data:
glydb_compositions(mono_type = "generic")
#> <glycan_composition[756]>
#> [1] Hex(3)
#> [2] Hex(4)
#> [3] Hex(3)HexNAc(1)
#> [4] Hex(1)HexNAc(3)dHex(1)NeuGc(1)
#> [5] Hex(1)HexNAc(1)
#> [6] Hex(1)HexNAc(2)
#> [7] HexNAc(2)
#> [8] HexNAc(3)
#> [9] Hex(1)HexNAc(1)dHex(2)
#> [10] Hex(3)HexNAc(1)dHex(1)
#> ... (746 more not shown)
glydb_structures(structure_level = "topological", species = "Homo sapiens", glycan_type = "N")
#> <glycan_structure[291]>
#> [1] GlcNAc(??-?)[GlcNAc(??-?)]Man(??-?)[GlcNAc(??-?)[GlcNAc(??-?)]Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [2] Gal(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-?)Man(??-?)Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [3] Man(??-?)Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [4] Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)]Man(??-?)[Gal(??-?)GlcNAc(??-?)Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)GlcNAc(??-
#> [5] GlcNAc(??-?)[GlcNAc(??-?)]Man(??-?)[GlcNAc(??-?)[GlcNAc(??-?)]Man(??-?)][GlcNAc(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [6] Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)Man(??-?)[Gal(??-?)GlcNAc(??-?)Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [7] Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)]Man(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)]Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [8] Gal(??-?)GlcNAc(??-?)Man(??-?)[Gal(??-?)GlcNAc(??-?)[Gal(??-?)GlcNAc(??-?)]Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)[Fuc(??-?)]GlcNAc(??-
#> [9] Man(??-?)Man(??-?)[Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)GlcNAc(??-
#> [10] Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)Man(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)[Neu5Ac(??-?)Gal(??-?)GlcNAc(??-?)]Man(??-?)]Man(??-?)GlcNAc(??-?)GlcNAc(??-
#> ... (281 more not shown)
#> # Unique structures: 291